2020年9月初，农村乱占耕地建房专项整治行动部际协调机制办公室印发《农村乱占耕地建房问题摸排工作方案》，对存量问题开展摸排。《方案》明确，本次摸排对象为全国范围内2013年以来各类占用耕地建设的没有合法合规用地手续的房屋。之前个别或部分已经建设但与2013年以来违法违规建房行为有整体关联性的房屋，要一并摸排。

《方案》明确，此次摸排类型分为住宅类、公共管理和公共服务类，以及工矿、仓储、商服、旅游等产业类。对农村宅基地类住宅，以宗为单元开展摸排, 并认定房屋是否符合当地“一户一宅”政策或“分户条件”；对单元楼式的多户住宅，以项目为单元开展摸排，摸清房屋类型、建设和使用情况、土地违法和处罚情况等；其他两类以项目为单元，摸清该类房屋用途、建设主体、建设依据、土地违法和处罚情况等，最终形成农村乱占耕地建房问题工作台账。

2021年1月21日，中共中央政治局常委、国务院副总理韩正在北京主持召开农村乱占耕地建房问题专项整治工作会议。韩正强调，要坚持分类分步、依法有序整治存量，着力整治强占多占、非法出售等恶意占地建房行为，科学确定整治顺序，不搞“一刀切”，避免简单化。要选择部分地方先行启动，积累经验后稳步有序铺开。要坚持依法依规整治，制定完善相关法律法规及司法解释，使各项工作于法有据、符合规定。